ص الحزمة الإحصائية: تغليف كائنات goframe

Question

أحاول توليد كائنات goframe لتوليد رسم الخرائط الجينات في ص مقابل الكائنات الحية غير المدعومة (انظر http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/gostats/inst/doc/gostatsforunsupportedorganiss.pdf.).

ومع ذلك، بعد التعليمات حرفيا لا يساعدني. إليك الرمز الذي أعمل به (ص 2.9.2 على أوبونتو كوالا 64 بت)

library("AnnotationDbi")
library("org.Hs.eg.db")
frame = toTable(org.Hs.egGO)
goframeData = data.frame(frame$go_id, frame$Evidence, frame$gene_id)
goFrame = GOFrame(goframeData, organism = "Homo sapiens")

ومع ذلك، عندما أحاول تعيين DataFrame في كائن Goframe، أحصل على هذا الخطأ

Error: could not find function "GOFrame"

أنا متأكد من أن غلاف Goframe في مكتبة AnnotationDBI، لذلك أنا في حيرة. أي مساعدة غير متطورة :-)

Answer 1

أعتقد أنه إصدار r الخاص بك. يوصف Goframe التفاف مدعوما في الموصل الأحيائي AnnotationDBI فقط منذ آخر إصدار.

لقد جربته ويعمل مع R 2.10.0

استمتع!

Answer 2

وفقا ل حزمة الوصف, ، ال Go.db يتم اقتراح الحزمة فقط بدلا من الاعتماد عليها. وبالتالي، بسيطة

 library(GO.db)

يبدو أن ما تحتاج إلى القيام به.