R pacote de estatística: objectos de embrulho GOFrame

Question

Eu estou tentando gerar GOFrame objetos para gerar um gene ontologia mapeamento em R para organismos não suportados (veja http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/GOstats/inst/doc/GOstatsForUnsupportedOrganisms.pdf ).

No entanto, seguindo as instruções literalmente não me ajudar. Aqui está o código que executar (R 2.9.2 no Ubuntu Koala 64 bit)

library("AnnotationDbi")
library("org.Hs.eg.db")
frame = toTable(org.Hs.egGO)
goframeData = data.frame(frame$go_id, frame$Evidence, frame$gene_id)
goFrame = GOFrame(goframeData, organism = "Homo sapiens")

No entanto, quando tento mapear minha trama de dados em um objeto goFrame, eu recebo este erro

Error: could not find function "GOFrame"

Eu tenho certeza que a GOFrame invólucro está na biblioteca AnnotationDBI, por isso estou confuso. Qualquer ajuda é extra apreciado: -)

Answer 1

Eu acho que é a sua versão R. GOFrame embrulho é descrita a ser apoiado no AnnotationDBI bioconductor somente desde a última versão.

Eu apenas tentei e ele funciona com R 2.10.0

Aproveite!

Answer 2

De acordo com a pacote descrição , o pacote Go.db é apenas sugerido em vez de dependia. Assim, um simples

 library(GO.db)

parece ser o que você precisa fazer.