R统计包：包装 GOFrame 对象

Question

我正在尝试生成 GOFrame 对象，以在 R 中为不受支持的生物体生成基因本体映射（请参阅 http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/GOstats/inst/doc/GOstatsForUnsupportedOrganisms.pdf).

但是，按照字面说明进行操作对我没有帮助。这是我执行的代码（ubuntu koala 64 位上的 R 2.9.2）

library("AnnotationDbi")
library("org.Hs.eg.db")
frame = toTable(org.Hs.egGO)
goframeData = data.frame(frame$go_id, frame$Evidence, frame$gene_id)
goFrame = GOFrame(goframeData, organism = "Homo sapiens")

但是，当我尝试将数据帧映射到 goFrame 对象时，出现此错误

Error: could not find function "GOFrame"

我很确定 GOFrame 包装器位于 AnnotationDBI 库中，所以我很困惑。任何帮助都非常感谢:-)

Answer 1

我认为这是你的 R 版本。据描述，自最新版本以来，bioconductor AnnotationDBI 仅支持 GOFrame 包装。

我刚刚尝试过，它适用于 R 2.10.0

享受！

Answer 2

根据 包装说明, ， 这 Go.db 包只是建议而不是依赖。因此，一个简单的

 library(GO.db)

似乎是你需要做的。