R 통계 패키지 : 랩핑 Goframe 객체

Question

나는 지원되지 않는 유기체에 대해 R에서 유전자 온톨로지 매핑을 생성하기 위해 Goframe 객체를 생성하려고 노력하고 있습니다 ( http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/gostats/inst/doc/gostatsforunsupportedorganisms.pdf).

그러나 지침을 따르는 것은 문자 그대로 도움이되지 않습니다. 다음은 내가 실행하는 코드입니다 (Ubuntu Koala 64 비트에서 R 2.9.2)

library("AnnotationDbi")
library("org.Hs.eg.db")
frame = toTable(org.Hs.egGO)
goframeData = data.frame(frame$go_id, frame$Evidence, frame$gene_id)
goFrame = GOFrame(goframeData, organism = "Homo sapiens")

그러나 내 데이터 프레임을 Goframe 객체에 매핑하려고하면이 실수를받습니다.

Error: could not find function "GOFrame"

나는 Goframe 래퍼가 AnnotationDBI 라이브러리에 있다고 확신합니다. 모든 도움이 추가로 감사합니다 :-)

Answer 1

나는 그것이 당신의 R 버전이라고 생각합니다. GOFRAME 랩핑은 최신 릴리스 이후에만 생체 전환기 주석 DBI에서 지원되는 것으로 설명됩니다.

방금 시도했는데 R 2.10.0으로 작동합니다.

즐기다!

Answer 2

에 따라 패키지 설명,, Go.db 패키지는 의존하지 않고만 제안됩니다. 따라서 간단합니다

 library(GO.db)

당신이해야 할 일인 것 같습니다.