R paquete estadístico: envolver objetos GOFrame

Question

Estoy intentando generar objetos GOFrame para generar una cartografía de genes ontología en R para los organismos no compatibles (véase http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/GOstats/inst/doc/GOstatsForUnsupportedOrganisms.pdf ).

Sin embargo, siguiendo las instrucciones que, literalmente, no me ayuda. Aquí está el código ejecuto (R 2.9.2 en Ubuntu koala 64 bits)

library("AnnotationDbi")
library("org.Hs.eg.db")
frame = toTable(org.Hs.egGO)
goframeData = data.frame(frame$go_id, frame$Evidence, frame$gene_id)
goFrame = GOFrame(goframeData, organism = "Homo sapiens")

Sin embargo, cuando intento trazar mi trama de datos en un objeto goFrame, me sale este error

Error: could not find function "GOFrame"

Estoy bastante seguro de la envoltura GOFrame está en la biblioteca AnnotationDBI, así que estoy confundido. Cualquier ayuda es apreciada adicional: -)

Answer 1

Creo que es la versión R. GOFrame envoltura se describe a ser apoyado en el AnnotationDBI bioconductor sólo a partir de la última versión.

he intentado y funciona con R 2.10.0

Disfrute!

Answer 2

De acuerdo con la descripción del paquete , el paquete Go.db Sólo se sugiere más bien que dependía. Por lo tanto, un simple

 library(GO.db)

parece ser lo que tiene que hacer.