R статистический пакет:обертывание объектов GOFrame

Question

Я пытаюсь сгенерировать объекты GOFrame, чтобы сгенерировать отображение генной онтологии в R для неподдерживаемых организмов (см. http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/GOstats/inst/doc/GOstatsForUnsupportedOrganisms.pdf).

Однако буквальное следование инструкциям мне не помогает.Вот код, который я выполняю (R 2.9.2 на 64-разрядной версии ubuntu koala)

library("AnnotationDbi")
library("org.Hs.eg.db")
frame = toTable(org.Hs.egGO)
goframeData = data.frame(frame$go_id, frame$Evidence, frame$gene_id)
goFrame = GOFrame(goframeData, organism = "Homo sapiens")

Однако, когда я пытаюсь сопоставить свой фрейм данных с объектом goFrame, я получаю эту ошибку

Error: could not find function "GOFrame"

Я почти уверен, что оболочка GOFrame находится в библиотеке AnnotationDBI, поэтому я озадачен.Любая помощь приветствуется :-)

Answer 1

Я думаю, что это ваша R-версия.Обертывание GOFrame, как описано, поддерживается в bioconductor AnnotationDBI только начиная с последней версии.

Я только что попробовал это, и это работает с R 2.10.0

Наслаждайтесь!

Answer 2

В соответствии с описание упаковки, тот самый Go.db пакет только предлагается, а не зависит от него.Следовательно, простой

 library(GO.db)

кажется, это то, что вам нужно сделать.