pacchetto statistico R: avvolgere oggetti GOFrame

Question

Sto cercando di generare oggetti GOFrame per generare una mappatura genica un'ontologia in R per gli organismi non supportati (vedi http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/GOstats/inst/doc/GOstatsForUnsupportedOrganisms.pdf ).

Tuttavia, seguendo le istruzioni alla lettera non mi aiuta. Ecco il codice eseguo (R 2.9.2 su Ubuntu koala 64 bit)

library("AnnotationDbi")
library("org.Hs.eg.db")
frame = toTable(org.Hs.egGO)
goframeData = data.frame(frame$go_id, frame$Evidence, frame$gene_id)
goFrame = GOFrame(goframeData, organism = "Homo sapiens")

Tuttavia, quando provo a mappare il mio dataframe in un oggetto goFrame, ottengo questo errore

Error: could not find function "GOFrame"

Sono abbastanza sicuro che l'involucro GOFrame si trova nella libreria AnnotationDBI, quindi sono perplesso. Ogni aiuto è apprezzato in più: -)

Answer 1

Credo che sia la versione R. GOFrame avvolgimento è descritto di essere sostenuti nella AnnotationDBI Bioconductor solo a partire dal l'ultima versione.

Ho appena provato e funziona con R 2.10.0

Enjoy!

Answer 2

Come per la descrizione del pacchetto , il pacchetto Go.db è solo suggerito, piuttosto che dipendeva. Quindi, un semplice

 library(GO.db)

sembra essere ciò che è necessario fare.