R 統計パッケージ:GOFrame オブジェクトのラッピング

Question

GOFrame オブジェクトを生成して、サポートされていない生物の遺伝子オントロジー マッピングを R で生成しようとしています (「 http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/GOstats/inst/doc/GOstatsForUnsupportedOrganisms.pdf).

ただし、文字通り指示に従っても役に立ちません。これが私が実行するコードです（ubuntu koala 64ビット上のR 2.9.2）

library("AnnotationDbi")
library("org.Hs.eg.db")
frame = toTable(org.Hs.egGO)
goframeData = data.frame(frame$go_id, frame$Evidence, frame$gene_id)
goFrame = GOFrame(goframeData, organism = "Homo sapiens")

ただし、データフレームを goFrame オブジェクトにマップしようとすると、この間違いが発生します

Error: could not find function "GOFrame"

GOFrame ラッパーは AnnotationDBI ライブラリにあると確信しているので、困惑しています。助けていただければ幸いです:-)

Answer 1

R バージョンだと思います。GOFrame ラッピングは、最新リリース以降、生体伝導体 AnnotationDBI でのみサポートされると説明されています。

試してみたところ、R 2.10.0で動作しました。

楽しむ！

Answer 2

に従って、 パッケージの説明, 、 Go.db パッケージは依存するものではなく、提案されるだけです。したがって、単純な

 library(GO.db)

それがあなたがしなければならないことのようです。