R Statistik-Paket: Verpackung GOFrame Objekte

Question

Ich versuche GOFrame zu erzeugen Objekte ein Gen Ontologie-Mapping in R für nicht unterstützte Organismen zu erzeugen (siehe http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/GOstats/inst/doc/GOstatsForUnsupportedOrganisms.pdf ).

Allerdings folgen Sie den Anweisungen buchstäblich hilft mir nicht. Hier ist der Code, den ich ausführen (R 2.9.2 auf Ubuntu Koala 64 bit)

library("AnnotationDbi")
library("org.Hs.eg.db")
frame = toTable(org.Hs.egGO)
goframeData = data.frame(frame$go_id, frame$Evidence, frame$gene_id)
goFrame = GOFrame(goframeData, organism = "Homo sapiens")

Allerdings, wenn ich versuche, meinen Datenrahmen in ein goFrame Objekt auf der Karte, ich diesen Fehler bekommen

Error: could not find function "GOFrame"

Ich bin ich ziemlich sicher, dass der GOFrame Wrapper in der AnnotationDBI Bibliothek, so dass ich verwirrt bin. Jede Hilfe ist besonders geschätzt: -)

Answer 1

Ich denke, es ist Ihre R-Version. GOFrame Verpackung wird beschrieben, da die aktuelle Version nur in der Bioconductor AnnotationDBI unterstützt werden.

Ich habe gerade versucht, und es funktioniert mit R 2.10.0

Genießen Sie!

Answer 2

Gemäß der Paketbeschreibung , das Go.db Paket nur angedeutet wird, statt abhing. Somit ist eine einfache

 library(GO.db)

scheint zu sein, was Sie tun müssen.