R progiciel statistique: envelopper des objets GOFrame

Question

Je suis en train de générer des objets GOFrame pour générer une cartographie de l'ontologie génétique dans R pour les organismes non pris en charge (voir http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/GOstats/inst/doc/GOstatsForUnsupportedOrganisms.pdf ).

Cependant, en suivant les instructions ne m'a littéralement aide pas. Voici le code que j'execute (R 2.9.2 sur koala ubuntu 64 bits)

library("AnnotationDbi")
library("org.Hs.eg.db")
frame = toTable(org.Hs.egGO)
goframeData = data.frame(frame$go_id, frame$Evidence, frame$gene_id)
goFrame = GOFrame(goframeData, organism = "Homo sapiens")

Cependant, lorsque je tente de cartographier mon dataframe dans un objet goFrame, je reçois cette erreur

Error: could not find function "GOFrame"

Je suis assez sûr que l'emballage est GOFrame dans la bibliothèque AnnotationDBI, donc je suis perplexe. Toute aide est appréciée supplémentaire: -)

Answer 1

Je pense qu'il est votre version R. emballage GOFrame est décrit à être pris en charge dans le AnnotationDBI bioconductor que depuis la dernière version.

Je viens d'essayer et il fonctionne avec R 2.10.0

Amusez-vous!

Answer 2

Conformément à la description du paquet de href="http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/AnnotationDbi.html" , le paquet Go.db est seulement suggéré plutôt que dépendu. Par conséquent, un simple

 library(GO.db)

semble être ce que vous devez faire.