R 統計パッケージ:GOFrame オブジェクトのラッピング
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19-09-2019 - |
質問
GOFrame オブジェクトを生成して、サポートされていない生物の遺伝子オントロジー マッピングを R で生成しようとしています (「 http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/GOstats/inst/doc/GOstatsForUnsupportedOrganisms.pdf).
ただし、文字通り指示に従っても役に立ちません。これが私が実行するコードです(ubuntu koala 64ビット上のR 2.9.2)
library("AnnotationDbi")
library("org.Hs.eg.db")
frame = toTable(org.Hs.egGO)
goframeData = data.frame(frame$go_id, frame$Evidence, frame$gene_id)
goFrame = GOFrame(goframeData, organism = "Homo sapiens")
ただし、データフレームを goFrame オブジェクトにマップしようとすると、この間違いが発生します
Error: could not find function "GOFrame"
GOFrame ラッパーは AnnotationDBI ライブラリにあると確信しているので、困惑しています。助けていただければ幸いです:-)
解決
R バージョンだと思います。GOFrame ラッピングは、最新リリース以降、生体伝導体 AnnotationDBI でのみサポートされると説明されています。
試してみたところ、R 2.10.0で動作しました。
楽しむ!
他のヒント
に従って、 パッケージの説明, 、 Go.db
パッケージは依存するものではなく、提案されるだけです。したがって、単純な
library(GO.db)
それがあなたがしなければならないことのようです。
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